La Misión de BIFAP es promover la salud pública mediante la creación y mantenimiento de una base de datos automatizada de ámbito nacional y base poblacional, a partir de la información facilitada por los médicos de atención primaria del Sistema Nacional de Salud, con el objetivo de realizar de estudios farmacoepidemiológicos orientados fundamentalmente a la evaluación de la efectividad y seguridad de los medicamentos.

BIFAP esta especialmente comprometido en:

• Proteger la confidencialidad de la información de los pacientes incluidos en la base de datos de acuerdo con la legislación de protección de datos vigente.
• Promover la colaboración de los médicos de atención primaria en el proyecto y mantener unos altos niveles de calidad de la información y prestaciones.
• Estimular la investigación de calidad desde la Asistencia primaria de salud, asegurando unos altos niveles de calidad científica.
• Desarrollar líneas de investigación independientes sobre aspectos relevantes para la Comunidad científica y la Salud pública de la población.