En la actualidad se están llevando a cabo las acciones necesarias para firmar convenios de colaboración con las Comunidades autónomas a las que pertenecen los colaboradores de BIFAP. En dichos convenios se detallan los compromisos de los distintos agentes implicados en el proyecto (Comunidad Autónoma, Agencia Española de Medicamentos y Productos sanitarios,), así como otros aspectos operativos relacionados con el tratamiento de los datos, comisiones de seguimiento etc.

Hasta la fecha se han firmado los convenios de colaboración con las Comunidades Autónomas de Navarra (BOE 13 Julio 2009) , Aragón (BOE 30 Julio 2009) y Cantabria (BOE 23 Septiembre 2009). Se espera poder firmar, en próximas fechas, los convenios de colaboración con el resto de CC.AA que participan en el proyecto BIFAP.